Forskellige steriliseringsmetoder vælges baseret på de forskellige ydeevner af endoskopiske instrumenter og deres komponenter, samt relevant information fra instrumentproducenten. ,
1. Højtryksdampsterilisering: Alle endoskopiske kirurgiske instrumenter, der kan autoklaveres, bør steriliseres ved højtryk.
2. Ethylenoxid: Ethylenoxid har en stærk steriliseringsevne, udbredt sterilisering, beskadiger ikke genstande og har en stærk gennemtrængende kraft. Det er ikke egnet at bruge højtryksdamp til at sterilisere endoskopiske linser, kameraer, lyskildestråler, elektrokoagulationstråde osv. Alle kan steriliseres ved denne metode.
3. 2% glutaraldehyd iblødsætning: bruges til nedsænkningssterilisering af endoskopiske instrumenter. Det skal ligge i blød i 10 timer. Under iblødsætning skal instrumentets led åbnes, og lumen skal fyldes med iblødsætningsvæske. Den resterende medicinske opløsning skal skylles gentagne gange med sterilt vand før brug.
4. Sterilisering af medicinsk sterilisator.
